O Núcleo de Fisioterapia Bacharelado foi criado através da PORTARIA 1109, de 21 de novembro de 2006, o qual tem sua atuação vinculada à direção direta do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS. Sua primeira turma teve início em 2007, a qual se formou em 2010-2.

Atualmente, localiza-se no prédio departamental do CCBS do Campus da Saúde, no Bairro Sanatório, em Aracaju-SE. É neste Campus que se concentra a maioria das aulas do curso.

Em julho de 2013, o Núcleo de Fisioterapia passou a ser Departamento pela RESOLUÇÃO N° 33/2013, conforme estabelecida as exigências cabíveis para mudança.